Sant'Agata Militello fino al 1857, anno in cui divenne comune autonomo, faceva parte del comune di Militello Rosmarino. Le basi per l'origine del nuono centro furono poste dalla costruzione di due torri di guardia edificate in momenti successivi, su un piccolo rilievo roccioso a ridosso della spiaggia.
Il 21 agosto 1600, Vincenzo Gallego, figlio di donna Margherita Requisenz e di Girolamo Gallego, fu investito della baronia di Militello.
Il 14 febbraio 1628, don Vincenzo Gallego, mosso dall'estremo stato di insicurezza della costa, causato dal fenomeno piratesco e dall'intenzione di rendersi promotore della nascita di un nuovo centro nella "marina di Militello", versò alla Regia Curia la somma di 200 onze, per ottenere la facoltà di costruire un Castello, presso lo scalo denominato di Sant'Agata.

Il 12 aprile dello stesso anno, don Vincenzo Gallego acquistò dalla Curia, la "licentia fabricandi" del Castello.Il 25 maggio 1628, Vincenzo Gallego ottenne il titolo di Marchese di Sant'Agata. Il 29 aprile 1630, il re di Sicilia, Filippo IV, concesse al figlio di Vincenzo, Luigi Gallego, la "licentia populandi" che consentiva di poter "intorno a detto Castro abitare e popolare e costruire in essi nuove abitazioni e dimore".
Gaetano Gallego e Ventimiglia, il 28 luglio 1700 ottenne il privilegio di istituire una fiera alla "marina" di Sant'Agata che si doveva svolgere a partire dal 24 ottobre del 1700 ogni anno. La data della fiera fu inseguito spostata, a causa di controversie sorte tra il Barone di Militello e don Diego Ioppolo, Duca di Sinagra e Conte di Naso, al 16 novembre di ogni anno, con durata fino al 24 dello stesso mese. La fiera costituiva l'unica occasione di scambio per tutti i paese dei Nebrodi; oltre ai capi di bestiame, convergevano nel mercato i prodotti della terra, formaggi, stoffe e oggetti di uso domestico.
Le consistenti entrate economiche indussero il Principe a costruire diverse "stanze e baracche" accanto alla fortezza, che furono prese in affitto (laghiero) da 20 famiglie, comprendenti 52 persone, originari di Militello. Agli inizi del XIX sec., nonostante la popolazione non superasse ancora duemila anime, Sant'Agata si era talmente ampliata da meritare l'appellativo di "nuovo borgo delle terre di Militello".
Il 5 aprile 1823 Giuseppe Gallego, per debiti, vendette lo "Stato di Militello" a Giuseppe Lanza Scalea, Principe di Trabia, in cambio del pagamento dei debiti e dell'assegnazione di un vitalizio e si trasferì a Napoli.
Incrementatasi la popolazione, cominciarono le proteste, in quanto gli abitanti di Sant'Agata trovavano difficoltà a recarsi a Militello per il disbrigo delle pratiche civili, in particolare i padroni dei velieri che dovevano mettersi in regola sia per gli imbarchi sia per gli sbarchi. Pertanto il 22 agosto 1838 fu inoltrata la prima istanza per l'autonomia della frazione di S.Agata. la raggiunta autonomia determinò un processo migratorio che impresse alla popolazione residente a Sant'Agata, che raggiungeva allora le 3800 anime, una costante crescita. Molte famiglie benestanti, di imprenditori e commercianti, provenienti dai comuni limitrofi, si trasferirono a Sant'Agata costruendo le loro dimore.